网上阅卷系统的弊端主要有两个：技术瓶颈和社会障碍。

　　对于汉语来说，自然语言处理技术实现难度很大，迄今为止，在国内还没有一个实用化的、能真正实现的主观题智能网上阅卷系统还没有。由于汉语的复杂性，考生对于语言的发挥空间极大，一旦算法没有将相关关键语义囊括在内的话，将直接导致阅卷时的误判。

　　更遗憾的是，由于考察方式和答题角度的不同，主观题智能阅卷往往只能运用在浅层信息结构和语意结构的题目之中，主观题智能阅卷应付简述题、名词解释马马虎虎，但在应对相对复杂的主观题(如小作文、大作文)时，只能望洋兴叹。

　　即使主观题智能网上阅卷系统成熟之后，强大的社会障碍也是推进主观题智能阅卷的一大因素。任何家长和学生都不会将自己的命运交给一套不成熟的机器。人对于人工智能的不信任将成为主观题智能阅卷推行的最大难题。